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c-5b運輸機在2002年將升級電子裝置，美空軍稱之為一個相對低風險、低成本的現代化專案。專案始於1999財年，將保持c-5b與全球航空運輸管理要求的一致性。c-5b將裝備新的數字式自動飛行控制系統、新的液晶平板顯示器以及新的導航/通訊系統,還將安裝交通告警與防撞系統以及地形感知與預警系統。目前計劃中將有124架c-5進行升級，估計耗資37億美元。預計該專案將於2005年完成。

2002年11月，洛克希德&iddot;馬丁航空公司完成了為所有美國空軍機隊的c-5安裝了交通防撞和告警系統(tcas)的工作。安裝tcas是c-5航空電子現代化改進計劃的一個組成部分。tcas能識別鄰近的飛機，並向駕駛員顯示避免碰撞的方案，從而大大降低了發生空中交通事故的可能性。最近，一架裝有tcas的c-5在多佛空軍基地上空時，當地的空中交通管制系統突然失靈。這時tcas警告機組人員有一架輕型機接近c-5的飛行路線，於是c-5改變方向，保證了飛機和機組人員的安全。

c-5空中加油，對比大型的kc-135加油機，可見c-5是如何巨大。c-5在較短的跑道以大載重量狀態起飛時，往往少裝燃油，因此起飛後不久就需要進行空中加油，有時需要花十幾分鐘才能完成對接，輸油時間長達15分鐘，飛行員必須具備極高的駕駛技巧。

2003年11月，從美國空軍退役的第一架c-5移交給位於戴維斯-蒙森空軍基地的航宇維護與再生中心。這架飛機進行處理後，將轉為長期貯存。c-5開始退役，標誌著美軍空中機動的未來的發展動向，即由少量的現代化改進的c-5和嶄新的c-17替代服役多年的c-5運輸機。

c-5執行過的最刺激的任務，莫過於空中發射&ldo;民兵&rdo;戰略彈道飛彈了。這是冷戰時期美空軍的試驗計劃，由c-5空投&ldo;民兵&rdo;彈道飛彈，待降落傘使飛彈豎直穩定後，&ldo;民兵&rdo;點火發射。後計劃因過於複雜，缺乏實用性，而被取消。

2004年1月，一架美國空軍c-5運輸機在巴格達國際機場起飛後，被伊拉克武裝分子發射的可攜式地空飛彈擊中右機翼外側發動機，該機隨即緊急返回巴格達機場著陸。機上63人安然無恙。可見可攜式地空飛彈較小的戰鬥部，對運輸機的毀傷能力確實不足。

2004年2月，美國媒體披露了c-5運輸機航空電子現代化遇到的問題。媒體指出，美國空軍c-5運輸機的現代化被證明是一個複雜課題，是一個需要重新使用各種商用計劃的技術和很多公司的綜合應用軟體的複雜課題。但是，該機裝備全球空中交通管理（gat）航空電子裝置，將可在不斷變化的空中交通管制環境中遊刃有餘。這些關鍵的全球空中交通管理航空電子裝置包括：

&iddot; 未來空中導航系統（fans）資料鏈；

&iddot; 航空使用通訊（aoc）資料鏈；

&iddot; 甚高頻通訊，833-khz間隔；

&iddot; 多工作狀態接收機（r），有受保護的儀表著陸系統、伏爾導航系統、微波著陸系統和指點信標；

&iddot; 雙嵌入慣性導航系統/全球定位系統；

&iddot; 敵我識別/s模式應答機；

&iddot; 交通告警防撞系統2（tcas2）7型（加更早的）；

&iddot; 增強型近地警告系統（egs）；

&iddot; 備用空中交通管制資料鏈印表機；

&iddot; 通用綜合航空電子（via）系統，具有6種