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日軍雖然佔領臺北，但臺灣人民的反抗鬥爭卻更加猛烈地在全臺展開。各地軍民紛紛組織義軍堅持抵抗日軍入侵。在臺中門戶新竹，臺灣義軍與日軍持續作戰一個多月，先後進行大小戰鬥20餘次，殲敵近千名，最終因為軍械不繼，糧食斷絕，新竹失陷。繼續南下欲侵佔整個臺灣的日軍，處處遇到臺灣義軍和民眾的抵抗，8月底，有2000餘日軍斃命。當時，有侵略者哀嘆道：&ldo;原以為臺灣不過巴掌大小之地，以一旅之眾即可一舉殲滅，而結果證明，輕信這種結論是錯誤的。&rdo;

臺灣軍民的抵抗使日軍陷入泥潭，日本政府不得不派兵增援。9月中旬，日軍先後調集7萬餘人，傾巢進犯，大舉進攻臺南重鎮嘉義。臺灣義軍奮勇抗擊，以一當十，毫不退縮，戰鬥異常慘烈。抗日義軍首領徐驤身負重傷，仍躍起高呼：&ldo;大丈夫為國死，可無憾!&rdo;壯烈犧牲。10月21日，日軍趁守軍內無糧餉、外無強援的情況下，攻陷臺南，守將劉永福被迫登船退返大陸。至此，臺灣人民抗擊日本佔領的有組織鬥爭告一段落。

從1895年6月到10月，不畏強暴的臺灣軍民前僕後繼，奮勇殺敵，在極為艱難的條件下譜寫了可歌可泣的抗日保臺篇章。日本侵略者付出了慘重代價，北白川宮能久親王和第二旅團長山根信誠被擊斃，4800名日軍被打死，近一半的日軍被打傷。日方曾有記載：&ldo;不論何時，只要我軍一被打敗，附近村民便立刻變成我們的敵人。每個人，甚至年輕婦女都拿起武器來，一面呼喊著，一面投入戰鬥。我們的對手非常頑強，絲毫不怕死。他們隱藏在村舍裡，當一所房子被炮火摧毀，他們就鎮靜地轉移到另一所房子裡去，等一有機會就發動進攻。&rdo;

&ldo;總督命令即為法律&rdo;

1895年11月18日，樺山資紀向日本大本營報告，臺灣全島完全平定。然而，臺灣人民反抗日本殖民統治的鬥爭卻沒有停息。為了鎮壓臺灣起義，實施殖民統治，從1895年至1919年間，日本派出7任軍人總督，進行殘酷的軍人專政。

1896年3月，日本將臺灣劃歸拓殖省管轄，頒布《臺灣總督府條例》及相關條例，規定&ldo;在臺灣，總督命令即為法律&rdo;的獨裁製度。為配合這種總督制度，日本在臺灣又建立了特殊的警察制度，在臺灣全島布設警察網，州、廳、市、郡乃至街道都有警察部門，警察以日本人為主體，負責各類政務。警察遍及臺灣社會的各個角落，成為伸入臺灣民眾日常生活的鬼魘和直接屠殺臺灣民眾的劊子手。從此，臺灣成為名副其實的警察社會。以1902年為例，全臺設有10個廳、97個支廳、992個派出所，以後最多時各類警察機構達到1500餘處，警察18萬餘人。在臺灣的經濟發達地區，每隔兩三公里就有一個警察機構，每300人就配有一名警察。日本警察所到之處，殺人放火，姦淫擄掠。當時，臺灣民間嚇唬小孩兒有一句慣用語：&ldo;大人來啦！&rdo;所謂&ldo;大人&rdo;就是指當時的兇惡的日本警察。

為鎮壓臺灣此起彼伏的各地起義，日本派了大量軍隊、憲兵和警察維持秩序。1897年，日軍實行&ldo;三段警備法&rdo;，將全島分為三個地帶：&ldo;安全帶&rdo;主要指一些大城市和大村落，由警察負責治安；&ldo;不穩帶&rdo;是義軍經常出沒的地區，由憲兵和警察協同警備；&ldo;危險帶&rdo;是抗日義軍駐守區域，由軍隊警備，輔以憲兵進行討伐。這一措施進一步加強了日本殖民者對臺灣人民的武力統治。

1898年，日本殖民當局又實施&ldo;保甲條例&rdo;，將保甲設為警察軍事統治的輔助組織，規定10戶一甲，10